È il 1982 quando, nel distretto londinese di King's Cross, Shane MacGowan (cantante), Spider Stacy (tin whistle) e James Fearnley (fisarmonica) fondano i Pogue Mahone - dal gaelico Póg Mo Thóin, corrispettivo dell'inglese (Kiss My Ass - influenzati dal punk dei Clash e dalla tradizione secolare delle ballate irlandesi.
Già prima della formazione del gruppo, MacGowan e Stacy si esibiscono come artisti di strada; ai componenti iniziali si aggiungono successivamente Jeremy "Jem" Finer (chitarra e banjo), Andrew Ranken (batteria) e Cait O'Riordan (basso).

Di lì a poco, la contrazione di Pogue Mahone dà origine al nome attuale: Pogues. La band ottiene fin da subito un notevole successo, arrivando ad aprire i concerti dei Clash nell'84 e, nell'ottobre dello stesso anno, pubblica il primo album: Red Roses For Me.
Si aggiunge al gruppo anche Philip Chevron (chitarra) e, con l'appoggio di Elvis Costello, i Pogues producono il loro secondo lavoro Rum, Sodomy And The Lash, la cui copertina (l'opera La zattera della Medusa di Théodore Géricault, modificata coi volti dei membri del gruppo) sembra esemplificare perfettamente il motto "innovazione nel solco della tradizione".

In seguito, Cait O'Riordan viene sostituita da Darryl Hunt e il polistrumentista Terry Woods si aggrega alla band.
Nel 1987, la Stiff Records, compagnia di registrazione fino a quel momento legata alla band, dichiara la bancarotta.

Nonostante la dipendenza da alcol di Shane MacGowan, i Pogues proseguono l'attività con If I Should Fall From Grace With God (disco che include Fairytale Of New York, singolo pluridecorato nelle chart inglesi e coverizzata da numerosi artist di successo), che raggiunge la terza posizione nelle classifiche di vendita britanniche, e Peace And Love.

Nel 1991, in seguito all'uscita di Hell's Ditch, MacGowan è sostanzialmente costretto a lasciare il gruppo a causa dell'acuirsi dei suoi problemi di salute. Nel periodo seguente, la posizione di lead singer viene ricoperta da Spider Stacy, con la parentesi targata Joe Strummer.
Dopo la pubblicazione di Waiting For Herb, con la hit Tuesday Morning, e Pogue Mahone, i Pogues si sciolgono ufficialmente nel 1996; solo tre i membri originali rimasti.
Negli anni successivi, i componenti del gruppo si dedicano a numerosi progetti: Shane MacGowan fonda i Popes (con cui, nonostante ai cronici problemi di alcolismo si fosse aggiunta una forte dipendenza dalle droghe pesanti, sforna lavori di assoluto livello come The Snake e The Crock Of Gold) nel '93; Spider Stacy abbandona presto gli Spider Stacy's Pogue Mahone e la collaborazione con i Boys From The County Hell, cover band dei Pogues, continuando a comporre musica per vari artisti; Jem Finer si dedica a particolari ricerche compositive; James Fearnley si trasferisce negli Stati Uniti; Andrew Ranken affianca Stacy nei Vendettas, fondati nel '99; Phil Chevron torna con i Radiators, sua band degli esordi, mentre Darryl Hunt avvia una carriera solista con lo pseudonimo di BISH.

A fine 2001 i Pogues si riuniscono nella loro lineup originale per un tour natalizio in Irlanda e nel Regno Unito. Evento poi riproposto con cadenza annuale a partire dal 2004. Un anno dopo tornano in Giappone.
Dal 2006, in occasione dei festeggiamenti di San Patrizio e nel periodo autunnale, il gruppo si esibisce saltuariamente negli Stati Uniti, non disdegnando apparizioni estive in giro per l'Europa.

L'8 ottobre del 2013, affetto da un brutto male che col passare del tempo l'aveva costretto a saltare alcune date (sostituito dal giovane chitarrista James Walbourne), muore Philip Chevron.
Il primo concerto senza "Mr. C" si tiene a Manchester, in occasione del canonico tour natalizio, con una setlist interamente tratta da Rum, Sodomy And The Lash, di cui ricorre il trentesimo anniversario.

Il 9 agosto del 2014, a Landerneau in Bretagna, va in scena l'ultima esibizione dei Pogues.

In un'intervista datata 24 dicembre 2015, Shane MacGowan conferma in via ufficiosa lo scioglimento definitivo del gruppo:

"Non siamo più in attività. Dopo esserci ritrovati, siamo tornati a odiarci ancora una volta. Siamo amici... lo siamo stati anche anni prima di formare il gruppo. Ci sentiamo semplicemente un po' stanchi l'uno dell'altro. Rimaniamo amici fintanto che non giriamo in tour assieme. Nella mia vita ho tenuto una marea di concerti. Ora ne ho abbastanza".

L'8 agosto del 2022 viene a mancare il bassista Darryl Hunt.

Il 30 novembre dell'anno successivo muore Shane MacGowan, debilitato da una lunga battaglia contro un'encefalite virale. Fra gli omaggi degli amici e dei colleghi, spicca quello di Bruce Springsteen: "Shane era uno dei miei artisti preferiti. [...] Ho avuto la fortuna di passare un po' di tempo con lui e la sua adorabile moglie Victoria l'ultima volta in cui sono stato a Dublino. Era molto malato, ma ancora meravigliosamente presente nel cuore e nello spirito. La sua musica è senza tempo ed eterna. Non so cosa accadrà alle canzoni di molti di noi, ma quelle di Shane verranno cantate anche fra cento anni".